為了保證生物質鍋爐運行期間的壓力穩定性，必須不間斷地根據供熱情況來調整鍋爐負荷和燃燒室的運行。通常情況下，生物質鍋爐正常運行時會呈現出火床平整，火焰密而均勻的呈亮黃色，沒有穿冷風的火口，燃燼段整齊一致，從煙囪冒出的煙呈淡灰色，爐膛負壓保持在20～30Pa等的特征。

當鍋爐負荷增加時，就需先增加引風再增加送風，然后加快爐排速度，必要時甚至還需要增加煤層厚度的方式來促進生物質鍋爐的高效運行。而當鍋爐負荷減少時，就需先減慢爐排速度，然后減少送風，再減少引風的方法來解決。增減鼓引風量主要是通過開大或關小鼓、引風調節門來達到，調節完畢后的生物質鍋爐的爐膛負壓仍需要保持在20～30MPa。

此外，生物質鍋爐所用燃料的顆粒度及水分對鍋爐的工作影響也很大。顆粒度不均在煤斗中易產生機械分離，造成爐排通風不均和火床的燃燒不均。細顆粒燃料過多則會造成通風不良易產生火口。可見粒度指標好壞也將直接影響到鍋爐正常的穩定燃燒及其熱效率的高低。